富集组蛋白或转录因子（TF）的复合DNA在体内，然后下一代测序提供了一个有利的工具，研究全基因组蛋白质-DNA相互作用。它允许分析与活细胞中DNA序列结合的特定蛋白质。这样的分析要求该方法可靠地鉴定真正的靶蛋白富集区域，特别是来自有限的细胞样品。这些样品可以包括从组织中分离的稀有细胞群、从整个细胞群分选的特定细胞和原代培养的亚群细胞如胚胎细胞。此外，该方法应确保富集的DNA含有最少的背景，并且蛋白质-DNA结合区的作图具有最小偏差和高分辨率。已经使用了很长一段时间来实现该目标的主要方法是染色质免疫沉淀，然后是测序（ChIP-Seq）。然而，ChIP的主要局限性在于，它需要1）大量的输入材料，细胞或组织，以产生超过背景噪声的足够强的信号;和2）在初始固定步骤期间交联。有几种先进的方法可用于ChIP-Seq，具有减少的细胞数量或增加的分辨率。这些方法包括ChIP-exo和ChIPmentation。ChIP-exo提供了高分辨率的映射，但耗时并且需要充足的输入细胞供应。虽然ChIP片段化使用转座酶和测序相容的衔接子以使得能够在ChIP过程中整合连接，但其遵循传统上缓慢（2天）的ChIP程序并且不能实现高分辨率作图。CUT RUN（Cleavage Under Target Release Using Nuclease）是为了将捕获的靶蛋白/DNA复合物从有限的生物材料中释放出来，用于蛋白质-DNA相互作用的作图，它显著提高了作图分辨率。然而，CUT RUN需要昂贵的PA/Mnase融合蛋白，其具有显著的A/T序列偏差，导致靶蛋白相互作用的DNA区域谱严重受MNase消化水平的影响
产品描述
EpiNext ™ CUT& RUN Fast Kit 是 &从哺乳动物细胞或分离的细胞核/染色质开始进行成功的CUT RUN所需的一整套优化试剂。该试剂盒被设计成快速富集具有来自低输入细胞/染色质的蛋白质（组蛋白或转录因子）的特定DNA复合物，并通过下一代测序使用Illumina平台或其他方法如qPCR鉴定或绘制体内蛋白质-DNA相互作用。创新的工作原理、优化的方案和试剂盒的组件允许捕获靶向蛋白质/DNA复合物与最小化的非特异性背景水平。捕获的DNA特别适合于构建非条形码化（单重）和条形码化（多重）文库两者，以以较小偏差和高分辨率映射靶蛋白质-DNA相互作用区域。
