在动物中,DNA甲基化主要发生在CG二核苷酸背景下,由从头甲基化转移酶(de novo methyltransferases)中的DNA 甲基化转移酶3(Dnmt3)家族催化发生,由保持甲基化转移酶Dnmt1催化保持。而在植物中,DNA甲基化可以发生在各种背景下的C碱基上,包括CG、CHG(H=A、T或C)以及CHH,以CG为主。CG甲基化主要发生在gene body区,而CHG和CHH甲基化主要发生在转座子区域以及重复序列区,从头甲基化均由Dnmt3的同源酶DRM2催化发生,但是保持却因背景不同而各异。CG由Dnmt1的同源酶MET1催化保持,CHG由CMT3催化保持,而CHH依旧由从头甲基化酶DRM2催化保持。