蛋白质胞内胞外分布预测

众所周知，在细胞膜或者膜结构上有很多跨膜蛋白，它们有些片段在细胞外，有些片段在细胞内，分别发挥着不同的功能。对于研究比较程度的蛋白指标而言，小伙伴们都可以通过成熟的数据库平台进行查阅，比如：我们的老朋友平台：Uniprot

下面均以EGFR（P00533）蛋白为例，展示如何查找或者预测蛋白质的胞内与胞外分布：

已知蛋白，UniProt：

1.查找蛋白指标：VEGF，找到对应的种属蛋白：

2.点击亚细胞定位（Subcellular location）

3.往下翻找到Topology（拓扑学），了解胞内，胞外分布：

未知蛋白（暂无数据库提供胞内胞外分布），Topcons

1.打开Topocons网站：http://topcons.cbr.su.se/

2.如上图，在文本框中导入相关序列的FASTA格式序列（必须含>sp...相关内容），建议提供您的邮箱（结果预测出来后，会给您发邮件，如下图），然后点击提交（Submit）即可。

3. 观察结果：蓝色表示胞外部分（26-644 aa）；红色表示胞内部分（666-1210 aa）。

通过上述2种方法对比发现，其实Topcons预测结果，与实验验证的数据库Uniprot结果非常接近，可信度非常棒！