蛋白质的序列分析流程

1 蛋白质序列的检索

1.1 从 NCBI 检索蛋白质序列

http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrez/query.fcgi?db=Protein

1.2 利用 SRS 系统从 EMBL 检索蛋白质序列

http://srs.ebi.ac.uk/

2 蛋白质序列的基本性质分析

2.1 蛋白质序列的信号肽分析

http://genome.cbs.dtu.dk/services/SignalP-2.0/

http://genome.cbs.dtu.dk/services/SignalP/

2.2 蛋白质序列的跨膜区分析

http://genome.cbs.dtu.dk/services/TMHMM-1.0/

http://www.ch.embnet.org/software/TMPRED_form.html

2.3 蛋白质序列的亚细胞定位分析

http://predict.sanger.ac.uk/nnpsl/nnpsl_mult.cgi

3 蛋白质序列的同源性分析

3.1 基于 NCBI/Blast 软件的蛋白质序列同源性分析

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/blast.cgi

3.2 基于 WU/Blast2 软件的蛋白质序列同源性分析

http://dove.embl-heidelberg.de/Blast2/

3.3 基于 FASTA 软件进行蛋白质序列同源性分析

http://www2.ebi.ac.uk/fasta3

3.4 两条蛋白质序列之间的同源性分析

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/bl2.html

3.5 蛋白质序列的批量联网同源性分析

4 蛋白质序列的结构功能域分析

4.1 蛋白序列的 motif 和 Prosite 分析

http://www.isrec.isb-sib.ch/software/PFSCAN_form.html

4.2 蛋白质的结构功能域分析

http://smart.embl-heidelberg.de/

http://www.ebi.ac.uk/interpro/interproscan/ipsearch.html

5 蛋白质家族分析及其进化树的构建(方案)

WEB RESOURCES FOR PROTEIN SCIENTISTS

http://www.faseb.org/protein/docs/WWWResources.html

蛋白质数据库(Protein databank, PD)由美国自然科学基金会、能源部和国立卫生研究院共同投资建立，主要由 X-射线晶体衍射和核磁共振(NMR)测得的生物大分子三维结构所组成，用户可直接查询、调用和观察库中所收录的任何大分子三维结构。该数据库同时提供蛋白质序列及其三维空间晶体学原子坐标．其中受体-配体、抗原-抗体、底物-酶复合物等相互作用分子的共结晶图谱是基于同源比较的分子设计所需的最佳模型，因此 PDB 数据库为初步的蛋白质合理设计提供了重要的知识来源。由于 PDB 主要由生物大分子三维结构所组成，它具有以下几种功能：

(1)能够查找目的蛋白质的结构；

(2)可进行一级或高级结构的简单分析；

(3)与互联网上的其它一些数据库，如GDB、GenBank、SWISS-PROT、PIR 等链接，从而可查询蛋白质的其它信息；

(4)可下载有关结构信息以供进一步使用.可通过关键词,PDB 标识符等进行查询.在序列分析中，PDB 主要可应用于蛋白质结构预测和结构同源性比较。其中NRL-3D 数据库则是 PDB 数据库中所有蛋白质序列的信息。该数据库允许进行基于结构的序列比较，网址为：http://www.rcsb.org/pdb/。