PNA Bio-自定义PNA杂项：更高的亲和力、更序列特异性的结合

定制的PNA寡聚物可以未标记或通过染料或其他化学物质标记。它们也可以与肽缀合以添加其他功能。可以添加连接体作为间隔物并且还可以提高溶解度。γ-PNA或修饰的碱基可以进一步增加PNA的Tm和特异性。

艾美捷PNA Bio-定制PNA寡聚物：

PNA/DNA双链通常比相应的DNA/DNA双链具有更高的熔解温度（Tm）。大致上，每增加一个碱基对，熔解温度提高约1°C。

由于对互补DNA序列具有高结合亲和力，通常不需要设计长的PNA寡核苷酸进行杂交。12-21个碱基的PNA寡核苷酸Z为常见。

强烈建议避免任何自互补序列，如反向重复、形成发夹和回文序列，因为PNA/PNA之间的相互作用比PNA/DNA之间的相互作用更强。

还建议避免富含嘌呤的序列，因为它们由于在水溶液中溶解度低而倾向于聚集。尽量将嘌呤含量限制在60%以下。同时尽量避免超过6个嘌呤的连续序列，特别是连续4个或更多的G碱基。

为了提高PNA探针的溶解性，可以添加溶解性增强剂，如O型连接物、E型连接物、X型连接物或两个赖氨酸。

PNA Bio-gamma PNA：

伽马PNA在N-氨基乙基甘氨酸单元的γ-碳原子上有一个立体异构中心。γ-取代PNA可以放置在常规PNA的每一个第三残基中。

伽马PNA的熔解温度（Tm）每单个取代比普通PNA高出5~8℃，这导致具有更高的亲和力和更序列特异性的结合。此外，伽马PNA可以侵入双链DNA形成三螺旋结构。

此外，伽马PNA还可以提供几个优势，如改善的溶解性、更少的自聚集、更稳定的PNA-DNA双链形成，以及为多重标记和其他功能化提供的灵活性。

可能的伽马功能团：

1、赖氨酸：更好的溶解性，可能用于双重标记，具有细胞穿透的潜力

2、丙氨酸和谷氨酸也是可能的修饰选项。

由于其高亲和力和特异性，PNA寡核苷酸可以高效地与其靶标核酸结合。未标记PNA的一种流行用途是作为PCR反应中特定基因的阻断剂（PNA夹子）。这项技术可以高效地检测目标基因中的SNP突变。

PNA可以以任一方向与其靶标核酸结合，但更倾向于反平行而非平行。默认情况下，PNA从5'到3'或从N-到-C书写，就像DNA或肽一样。它也从NH2-到-CONH2或从H到-NH2书写。PNA的5'端NH2-可以与其他功能团共轭，而PNA的3'端-CONH2是一个非活性端。在5'端的乙酰化可以阻止任何潜在的反应性。

由于PNA的熔解温度（Tm）高于DNA，通常在大多数应用中使用10~21个碱基的PNA。PNA的长度越长可能会降低溶解性。高嘌呤含量（>60%），特别是G碱基，可能是溶解度低的原因。根据序列，PNA可能的Z长长度约为40个碱基。然而，强烈建议检查其Tm并设计具有适当长度和序列的探针。

为了提高PNA探针的溶解性，建议为长链（>22个碱基）或高嘌呤含量（>60%）的PNA添加溶解性增强剂，如O型连接物、E型连接物、X型连接物或2个赖氨酸。这些连接物也可以作为与其他功能团（如肽或染料）共轭的间隔物。

可能的连接物：

1、O型连接物（也称为AEEA或eg1）：提高溶解性，Z常用的

2、作为间隔物：O、E、X、C3、C4、C6、C12连接物

3、巯基添加：C6SH、C11SH

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