利用CUT和LUNCH RIP加速蛋白质/RNA相互作用研究
RNA免疫沉淀(RIP)被广泛用于分析蛋白质和RNA之间的相互作用,但无法实现高分辨率,再现性差,过程漫长复杂。使用EpiNext?CUT&LUNCH RNA免疫沉淀(RIP)试剂盒,您可以比以往更快地对靶蛋白/RNA复合物进行高度特异性富集。
极速三步:
CUT&LUNCH(目标下裂解和均匀释放独特核酸复合物)是EpigenTek最近开发的一项技术,旨在为研究体内DNA-蛋白质相互作用提供一种比ChIP和CUT&RUN更快速、更高效的替代方法。这一创新技术现已被整合到新的CUT&LUNCH RIP试剂盒(货号:P-2037-24)中,用于超快速、高度特异地富集目标蛋白-RNA复合物。
CUT&LUNCH RIP整合了当前RIP检测和CUT&RUN的所有优势,是富集RNA结合蛋白特异性RNA复合物最快且最便捷的方法。
1、快速协议:在不到2小时内完成您的检测。
2、低背景:选择性消除非特异性蛋白-RNA复合物。
3、高特异性和分辨率:仅回收抗体结合的复合物。
4、性价比高:每反应的价格不到竞争对手RIP产品的一半。
不要因为漫长的协议而耽误时间。用CUT&LUNCH RIP简化您的研究,夺回您的时间——没有减速,只有流程化的成功。
EpiNext CUT&LUNCH(目标下裂解和均匀释放独特核酸复合物)RNA免疫沉淀(RIP)试剂盒(货号:P-2037-24)提供了一种快速高效的方法来研究体内蛋白质-RNA相互作用。它整合了目前使用的RIP和CUT&RUN的所有优势,CUT&RUN是一种新的蛋白质-DNA相互作用分析方法。
CUT&LUNCH RIP试剂盒具有以下优势和特点:
1、极快速的三步协议:直接从完整的细胞开始,无需裂解和交联。整个检测过程可以在1小时50分钟内完成,最小化RNA损伤和解离的RNA结合组分的丢失,保持原生蛋白质-RNA结构。
2、提高特异性和最小化背景:独特的核酸裂解酶通过在目标蛋白/RNA复合物两端切割或移除RNA序列,确保低序列偏好,不影响目标蛋白占据的RNA。释放的非特异性蛋白-RNA复合物被选择性消除,只回收抗体结合的复合物。因此,可以通过高分辨率映射可靠地实现和识别目标蛋白富集区域。
3、低输入材料:强大的未结合RNA裂解和免疫捕获都在同一个管中处理。这种方法使用细胞和组织,并允许最大限度地保护目标蛋白,最小化样本损失。结果,输入的细胞数量可以少至20,000个细胞,不到传统RIP所需最小量的5%。
4、广泛的适用性:适用于各种物种的培养细胞以及新鲜和冷冻组织中的不同RNA结合蛋白,同时保持检测的特异性和灵敏度。
5、高度便捷:试剂盒包含所有必需组分,使EpiNext CUT&LUNCH RNA免疫沉淀(RIP)试剂盒既方便又经济。
背景信息
体内富集与蛋白质复合的RNA,然后进行qPCR和/或下一代测序,为研究表观转录组范围内的蛋白质-RNA相互作用提供了一个有利的工具。长期以来用于实现这一目标的主要方法是传统的RIP(RNA免疫沉淀)后跟PCR(RIP-PCR)或测序(RIP-Seq)。这些方法已被广泛使用,但无法实现高分辨率,需要交联,并且存在重复性差和过程复杂的问题。特别是,这些方法耗时(从8小时到2天)且成本高昂。
原理与程序
该试剂盒提供了所有必要的试剂,以富集RNA结合蛋白特异性RNA复合物,通过qRT-PCR或NGS从各种细胞样本中分析蛋白质-RNA相互作用。在这个检测中,细胞被渗透处理,并用针对感兴趣蛋白的RIP级抗体处理。然后,一种独特的核酸裂解酶混合物选择性地切割目标蛋白区域周围的RNA序列,移除非特异性RNA-蛋白复合物。只有抗体结合的复合物被选择性保留。捕获的蛋白/RNA复合物中的RNA片段被纯化,可以直接用于qRT-PCR或cDNA库构建,以分析蛋白质和RNA之间的相互作用。
起始材料
起始材料可以包括各种哺乳动物细胞样本,如培养瓶或培养板中的培养细胞、原代细胞、从血液、体液中分离的稀有细胞群体、新鲜/冷冻组织,以及从整个细胞群体中分选的特定细胞和胚胎细胞等。
CUT&LUNCH RIP试剂盒 Epigen Tek | RIP试剂盒 供应商A | RIP试剂盒 供应商M | |
工作流程便利性 | 方便 总共只有20步 不需要交联或超声处理 | 不太方便 超过50步 需要固定和超声处理(需要用户自行优化) | 不太方便 总共40步。不需要交联或超声处理。 |
所需细胞数量 | 50,000-1,000,000 | 15,000,000 | 20,000,000 |
富集目标范围 | 细胞质和核RNA-蛋白质复合物 | 核RNA-蛋白质复合物 | 细胞质和核 |
序列分辨率 | 高 独特的切割酶混合物在两端切割RNA,非常接近目标蛋白相互作用位点 | 较低 超声波基础的剪切产生不同长度的片段 | 低 RNA未被剪切 |
正/负对照比率 | >200 | >120 | >200 |
检测时间长度 | 1小时50分钟 | 1-2天 | 8小时-2天 |
富集RNA的下游应用 | qRT-PCR, RIP-chip, RIP-Seq | qRT-PCR | qRT-PCR, RIP-chip, RIP-Seq |
每次检测反应的价格 | 低 | 高 | 非常高 |
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