DNA甲基化是通过在胞嘧啶环的5-碳上共价添加一个甲基基团(CH3),从而形成5-甲基胞嘧啶(5-mC)。DNA甲基化在调节几乎所有生物过程中的基因表达中起着至关重要的作用,包括发育、生长和分化。DNA甲基化的改变已被证明会导致基因表达的变化。例如,高甲基化会导致基因沉默或基因表达降低,而低甲基化则激活基因或增加基因表达。异常的DNA甲基化也与疾病的病因有关,如癌症、自身免疫性疾病和精神分裂症。因此,全基因组DNA甲基化分析可以提供有价值的信息,用于发现用于疾病诊断的表观遗传标记,以及用于治疗的潜在靶点。
目前,全基因组亚硫酸盐测序(WGBS)或简化代表性亚硫酸盐测序(RRBS)等几种方法用于全基因组DNA甲基化分析。这些方法将未甲基化的胞嘧啶转化为尿嘧啶,而5-mC在亚硫酸盐处理中保持不变。这允许将表观遗传差异解释为遗传差异,然后可以通过单碱基分辨率和全基因组范围内的测序来检测。然而,实现这一点的传统方法仍然没有实际应用,因为(1)这些方法需要大量的DNA(>1微克)作为输入材料,这在从有限的生物样本(如肿瘤活检样本、早期胚胎、胚胎组织和循环DNA)中制备是困难的;(2)这些方法要求DNA首先被剪切,然后与适配器连接,接着进行亚硫酸盐转化(连接后亚硫酸盐转化)。这个过程导致大多数包含在适配器-DNA片段构建中的DNA片段断裂,从而形成单标签模板,在文库富集中将被移除。因此,在进行全基因组亚硫酸盐测序时会出现不完全覆盖和偏差;以及(3)这些方法耗时(2天)。为了克服这些方法的弱点,EpigenTek提供了EpiNext?高灵敏度亚硫酸盐测序试剂盒(Illumina)(#P-1056A)。
艾美捷亚硫酸氢盐测序试剂盒特点:
创新方法:允许同时进行亚硫酸盐转化和适当大小的DNA片段化。亚硫酸盐处理后的DNA可以直接连接到适配器,从而消除了通常在使用全基因组亚硫酸盐测序(WGBS)和简化代表性亚硫酸盐测序(RRBS)方法时发生的适配器连接片段断裂的可能性。
快速且流程简化的程序:从DNA亚硫酸盐处理到准备好的文库DNA,整个过程可以在6小时30分钟内完成。
完全转化:将未甲基化的胞嘧啶完全转化为尿嘧啶(>99%),同时对甲基胞嘧啶到胸腺嘧啶的不当或错误转化忽略不计。
高灵敏度和高效率:创新的亚硫酸盐DNA适配器连接消除了片段丢失和选择偏差,使得输入DNA可以低至0.2纳克,非常适合对珍贵且有限的样本进行甲基化分析。该试剂盒可用于非条形码(单重)和条形码(多重)DNA文库的准备。
极其方便:试剂盒包含DNA文库准备每个步骤所需的所有组分,足够进行亚硫酸盐转化、连接、清洁、大小选择和文库扩增,从而使亚硫酸盐DNA文库准备流程化,以获得最可靠和一致的结果。
最小偏差:超高频(Ultra HiFi)扩增能够以最小的序列偏差和低错误率获得可重复的高产量DNA文库。
广泛的样本适用性:起始材料可以是来自各种组织/细胞样本的基因组DNA,如新鲜和冷冻组织、培养瓶或微孔板中的培养细胞、显微切割样本、石蜡包埋组织、活检、胚胎细胞、血浆/血清样本以及体液样本等。来自各种富集反应的DNA,如ChIP、MeDIP/hMeDIP或外显子捕获,也可以作为起始材料。
亚硫酸氢盐测序试剂盒检测原理:
该试剂盒包含了直接使用微量输入DNA生成的亚硫酸盐DNA成功制备文库所需的所有试剂。在这种制备过程中,DNA在亚硫酸盐处理的同时被转化为适当长度的片段。经过亚硫酸盐处理的DNA,以单链形式存在,随后同时转化为双链DNA并连接适配器。连接后的片段使用MQ结合珠进行大小选择和纯化,然后使用高保真度PCR混合液进行扩增,这确保了从最小量的起始材料中获得最大产量,并以低错误率和最小偏差提供了文库DNA的高度精确扩增。
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