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CUT&Tag试剂盒--方便、可靠且结果一致的试剂盒

发布者:艾美捷科技    发布时间:2024-07-17     
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请在使用前阅读整个用户指南:

用途: EpiNext? cTIP(CUT&Tag In-Place)测序试剂盒旨在从低输入量的细胞/染色质中富集特定蛋白(组蛋白或强结合转录因子)-DNA复合物,并为使用Illumina平台(如Illumina GenomeAnalyzer II、HiSeq和MiSeq系统)进行下一代测序准备文库。该试剂盒的创新工作原理、优化的协议和组分允许捕获目标蛋白/DNA复合物,Z小化非特异性背景水平,并快速构建无条形码(单重)和有条形码(多重)文库,以便以较少的偏差和高分辨率绘制目标蛋白-DNA相互作用区域。

输入量: 对于细胞,一般每反应的量可以是2 x 10^3到2 x 10^5个细胞。为了Z佳准备,细胞输入量应为1 x 10^5,尽管cTIP(CUT&Tag In-Place)测序试剂盒数据可以通过少至500个细胞获得修饰组蛋白的数据。对于从细胞或组织中分离的染色质,每反应的量可以是0.1微克到5微克的染色质。为了Z佳准备,染色质输入量应为2微克。

起始材料: 起始材料可以包括各种哺乳动物细胞样本,如从培养瓶或培养皿中培养的细胞、原代细胞、从血液、体液和新鲜/冷冻组织中分离的稀有细胞群体、从整个细胞群体中分选的特定细胞和胚胎细胞等。

抗体: 抗体应为ChIP级,以便识别与DNA或其他蛋白结合的蛋白。如果您使用的是未经ChIP验证的抗体,则应使用适当的对照抗体,如抗RNA聚合酶II、抗H3K4me3或抗H3K27me3,以证明抗体适合ChIP。

内部对照: 该试剂盒中提供了阴性和阳性ChIP对照。

注意事项: 为避免交叉污染,仔细将样品或溶液移液到PCR管中。使用防气溶胶屏障移液管尖,并在液体转移之间始终更换移液管尖。在整个过程中佩戴手套。如果手套与样品接触,立即更换手套。

 

CUT&RUN(目标下切割与释放使用核酸酶)和CUT&TAG(目标下切割与标记)是为有限生物材料的蛋白-DNA相互作用图谱开发的方法。虽然它们显著提高了图谱分辨率,但两者都成本高昂。此外,CUT&RUN需要昂贵的PA/Mnase融合蛋白,这种蛋白对A/T序列有显著偏好,导致目标蛋白相互作用的DNA区域图谱严重受到MNase消化水平的影响。除了与CUT&RUN相同的消化偏好外,由于Tn5转座酶酶引起的染色质的非目标可及性,CUT&TAG的特异性较低。因此,作为一种改进,我们开发了一种新技术:目标下切割并就地标记测序(CUT&Tag In-Place测序),用于绘制全基因组范围内的蛋白-DNA相互作用。

 

我们的创新方法结合了ChIPmentation、ChIP-exo和CUT&RUN的优势,并采用Z快的程序,将其整合到EpiNext? cTIP(CUT&Tag In-Place)测序试剂盒中。

 

艾美捷CUT&Tag试剂盒特点:

1、高富集度:使用具有低序列偏好性的独特核酸切割酶混合液,同时将染色质碎片化,并在不影响目标蛋白占据的DNA的情况下,切割/移除目标蛋白/DNA复合物两端的任何DNA序列。因此,可以可靠地识别真正的目标蛋白富集区域,并实现高分辨率映射。

2、低输入材料:强大的无超声碎片化、未结合DNA切割和免疫捕获都在同一个单管中进行,采用珠上连接。这种方法允许在细胞和组织中使用,并允许Z大限度地降解保护目标蛋白,同时Z小化样本损失。结果,输入的细胞数量可以少至500个,或者染色质量可以低至50纳克。

3、就地标记:在DNA纯化之前,将DNA接头珠上连接(就地)到染色质,可以增加DNA片段大小,允许对结合转录因子(TF)的过短片段(例如:<70碱基对)进行纯化,以构建文库。

4、Z小背景:在原位切割目标蛋白/DNA复合物两端的未结合DNA序列,能够Z小化免疫捕获/测序背景,允许数据分析时读取数少于1000万次。

5、快速、简化的程序:从细胞到文库DNA的过程少于5小时。

6、高度方便:试剂盒包含CUT&Tag就地测序的每个步骤所需的所有组分,这些组分足以进行蛋白/DNA捕获和捕获的DNA文库准备,从而使cTIP(CUT&Tag In-Place)测序试剂盒成为Z方便、可靠且结果一致的试剂盒。

 

CUT&Tag试剂盒检测原理:

EpiNext? cTIP(CUT&Tag In-Place)测序试剂盒包含了从哺乳动物细胞开始进行成功的cTIP-Seq所需的所有必要试剂。在反应中,从细胞中分离出细胞核。目标蛋白-DNA复合物与感兴趣的ChIP级抗体结合/捕获。使用独特的核酸切割酶混合液,染色质被碎片化,目标蛋白/DNA复合物两端的DNA序列被切割/移除。在此过程中,被目标蛋白占据的DNA序列不受影响。接头被连接到珠子上与目标蛋白结合的DNA片段。然后,连接的DNA被释放、纯化,并使用高保真PCR混合液进行扩增,以构建文库DNA。DNA随后被清洁、释放和洗脱。试剂盒中包括一个阳性对照抗体(抗H3K9me3)、一个阴性对照非免疫IgG和对照染色质,这些可以用来在PCR/生物分析仪步骤中展示试剂盒的效果和性能。

CUT&Tag试剂盒

 

EpiNext? cTIP(CUT&Tag In-Place)测序试剂盒的工作流程。


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