表观遗传之RNA甲基化一 5mc甲基化

      Hello大家好，我今天又给大家带来表观遗传的第四集：RNA甲基化一 5mc甲基化，不知道大家有没有期待呢？

       通过观看前面的剧情，我们了解到DNA 5mC甲基化。DNA中的5-甲基胞嘧啶（5-mC）是通过DNA甲基转移酶在胞嘧啶环的5个碳原子上共价加成甲基而产生的。这个过程已经被充分研究，并且通常与基因表达的抑制有关。还观察到在人类中，5-mC存在于各种RNA分子中，包括tRNA，rRNA，mRNA和非编码RNA（ncRNA）。 在mRNA和ncRNA中至少发现了10,275个5-mC候选位点，覆盖了转录组中总胞嘧啶残基的10.6％，这个比率，确实值得被关注和研究呢。

      5-mC似乎在某些类别的ncRNA中富集，但在mRNA中相对较少。 但是，大多数（83％）候选位点都存在于mRNA中。 在这些转录物中，5-mC似乎在蛋白质编码序列中被耗尽，但富含5'和3'UTR。 已知两种不同的甲基转移酶NSUN2和Dnmt2可以催化真核RNA中的5-mC修饰。 最近的数据强烈表明，RNA胞嘧啶甲基化会影响各种生物学过程的调控，例如RNA稳定性和mRNA翻译。 此外，vtRNA中5-mC的丢失会导致异常加工成与Argonaute相关的小RNA片段，这些片段可以充当microRNA。 因此，vt ncRNA的加工受损可能会导致与NSun2缺陷相关的人类疾病。

      今天就给大家安利一波针对RNA 5mC的产品。

      1.P-9009，MethylFlash 5-mC RNA Methylation ELISA Easy Kit (Fluorometric)，ELISA样形式基于荧光的总5-mC RNA甲基化定量。

      该产品具有以下优势和特点：

     【1】快速：整个过程仅需2个小时40分钟

     【2】稳定：试剂盒的组成使测定具有较大的“信号窗口”，重复之间的差异较小。

     【3】方便：固有的低背景信号，从而消除了板块步骤的需要

     【4】灵敏-检测限可低至200 ng输入RNA中的5-mC RNA的0.02％。

     【5】特异性-对5-mC的特异性高，在指定的样品RNA浓度范围内与未甲基化的胞嘧啶或羟甲基化的胞嘧啶没有交叉反应。

     【6】通用–阳性和阴性对照均可检测任何物种中的5-mC RNA甲基化

     【7】准确-可按百分比比例分级的优化阳性对照，使测定更加准确并与HPLC-MS分析具有高度可比性

     【8】灵活-带孔微孔板格式使该测定可用于手动或高通量分析

     简单的操作步骤~~

      检测效果~~

      图p-9009：使用MethylFlash™5-mC RNA甲基化ELISA简易试剂盒（荧光法）准确定量不同物种的各种RNA样品中5-mC含量。 结果与通过MS-LC获得的结果密切相关。

      参考文献：

     【1】Park MH et. al. (January 2020). Mono-(2-Ethylhexyl)phthalate Regulates Cholesterol Efflux via MicroRNAs Regulated m⁶A RNA Methylation.Chem Res Toxicol.

     【2】P-9007 piNext 5-mC RNA Bisulfite-Seq Easy Kit (Illumina)，用于RNA亚硫酸氢盐转化，然后进行“后亚硫酸氢盐”文库制备过程。

      该产品具有以下优势和特点：

     【1】高灵敏度和高效率：通过使用一种创新方法，通过随机探测可以完整地标记亚硫酸氢盐转化的RNA的衔接子标签，并阻止形成未标记或半标记的RNA片段，包括非条形码（单重）和条形码（多重） 文库，可以高灵敏度和高效率可靠地制备文库，从而为构建5mC RNA-seq文库提供了可靠而可靠的方法。 优化的亚硫酸氢盐RNA方法和增强的衔接子标签消除了片段丢失和选择偏倚，使输入RNA可以低至5 ng，并提高了完全标记的cDNA文库的效率。

     【2】简单且简化的过程：整个过程可以在6个小时内完成。 无胶大小选择/纯化可节省时间并防止处理错误以及有价值的样品丢失。

完全转化：创新的试剂组合物可将未甲基化的胞嘧啶以大于99.9％的水平转化为尿嘧啶，当使用指定范围的样品RNA时，甲基胞嘧啶向胸腺嘧啶（<0.1％）的转化不存在或可忽略不计。

     【3】 极为方便：该试剂盒包含RNA库制备过程中每个步骤的所有必需组件，足以进行亚硫酸氢盐的转化，连接，纯化，大小选择和库扩增，从而简化了亚硫酸氢盐RNA库的制备过程，以获得最可靠和一致的结果

     【4】最小的偏差：超高保真HiFi扩增可实现亚硫酸氢盐转化的RNA文库的可再生高产量，同时序列偏倚最小且错误率低。

     【5】 广泛的样品适用性：起始材料可以是从各种组织/细胞样品（例如新鲜和冷冻的组织），培养瓶或微孔板中培养的细胞中分离的总RNA。

      图p-9007：文库片段的大小分布：使用EpiNext&trade;5-mC RNA Bisulfite-Seq Easy Kit（Illumina）从50 ng小鼠RNA中制备亚硫酸氢盐后cDNA文库。

      3.p-9003 Methylamp RNA Bisulfite Conversion Kit，用于稳健的、基于化学的亚硫酸氢盐处理RNA甲基化胞嘧啶分析。

      该产品具有以下优势和特点：

     【1】快速便捷的操作步骤，可在3小时内完成。

     【2】当使用指定范围的输入样品RNA时，完全或完全地将未甲基化的RNA胞嘧啶转化为尿嘧啶（> 99.9％），而甲基胞嘧啶向胸腺嘧啶（<0.1％）的不正确/错误转化或可忽略不计。

     【3】强大的RNA降解保护，可防止90％以上的RNA丢失。

      【4】随附的对照引物对亚硫酸氢盐转化的RNA具有特异性，可用于测试亚硫酸氢盐转化是否已正确实现。

      【5】少量输入RNA可用于亚硫酸氢盐转化，每个反应低至5 ng。

      【6】简单，可靠且一致的反应条件。

      图p-9003：RNA亚硫酸氢盐测序分析：使用对亚硫酸氢盐转化的RNA特异的28S rRNA引物，对从MCF-7细胞分离的RNA进行亚硫酸氢盐处理，cDNA合成和PCR扩增后测序。 未甲基化的胞嘧啶（＃4、5、14）被转化为尿嘧啶并被检测为胸腺嘧啶，而甲基化的胞嘧啶（＃8）保持不变。

      下期预告：组蛋白修饰&mdash;组蛋白乙酰化，大家敬请期待噢~~

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