DNA甲基化

发布者：艾美捷科技发布时间：2021-04-26

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DNA甲基化的研究目前也是热门的研究之一，大量研究表明，DNA甲基化能引起染色质结构、DNA构象、DNA稳定性及DNA与蛋白质相互作用方式的改变，从而调控基因性状的表达。基因表达以及几乎所有类型的癌症的发展也与DNA甲基化有关。

那什么是DNA甲基化呢？DNA甲基化是通过DNA甲基转移酶在胞嘧啶环的第5个碳原子上共价加成甲基而产生的，从而产生5-甲基胞嘧啶（5-mC），在体细胞中，几乎仅在二核苷酸CpG的对称甲基化配对中发现了5-mC，而在胚胎干（ES）细胞中，在非CpG中也观察到了大量的5-mC。5-mC作为表型和基因表达的主要表观遗传修饰的生物学重要性已得到广泛认可。

那么有哪些研究方向和方法以及产品值得推荐的产品来研究DNA甲基化呢？

对甲基化的研究，总的来说大致可以分为三大类：

1、针对DNA甲基化这类的研究最多，其中修饰也是最为稳定的类型；

2、组蛋白的甲基化修饰以及乙酰化；

3、RNA甲基化修饰，虽然RNA的修饰有100多种，但主要以A碱基上的6mA甲基化修饰为主，现在关于此的研究也非常火。

研究第一步：DNA提取与DNA甲基化定量检测

Epigentek可提供相关的DNA准备试剂盒，DNA样品可以从细胞，组织和体液中制备，并且是大多数DNA甲基化应用和测定法中最常用的起始材料。高效，精确和高质量的DNA分离是成功进行基于DNA的实验的关键前提。

详情查看：1、表观遗传之DNA甲基化<一>

研究第二步：研究DNA甲基化的技术手段：一类是IP类的，代表作就是DNA甲基化免疫共沉淀技术（MeDIP-seq），另外一类重亚硫酸盐处理技术。详细介绍和产品推荐点击下方信息：

详情查看：1、表观遗传之DNA甲基化<二>

进阶研究：如何检测单个基因的5mC、5hmC和m6A的量呢？

详情查看：1、如何定量检测目的基因甲基化水平——m6A? 5mC？5hmC?

产品推荐

一、DNA样本提取试剂盒

	FitAmp通用组织切片DNA分离试剂盒Cat #P-1003	FitAmp血浆/血清DNA分离试剂盒 cat#p-1004	FitAmp尿液DNA分离试剂盒 cat#p-1017	FitAmp血液和培养细胞DNA提取试剂盒 cat#p-1018	FitAmp凝胶DNA分离试剂盒 cat#p-1007	FitAmp石蜡组织切片DNA分离试剂盒 cat#p-1009
形式	spin column	spin column	spin column	spin column	spin column	spin column
结合能力	5 ?g	5 ?g	5 ?g	5 ?g	5 ?g	5 ?g
回收率	>70%	>70%	>70%	>70%	>70%	>70%
起始材料	组织切片	血浆，血清或体液	尿液	血液白细胞或培养的哺乳动物细胞	低熔点琼脂糖凝胶	福尔马林固定，石蜡包埋的组织
输入量	低至1 ng	低至1 ng	1 ng to 2 ?g	1 ng to 4 ?g	1 ng to 1 ?g	1 ng to 2 ?g
时间	2h	12min	20min	20min	<15min	2h

二、DNA甲基化定量检测试剂

	MethylFlash甲基化DNA定量试剂盒（比色） Cat #P-1034	MethylFlash Global DNA甲基化（5-mC）ELISA简易试剂盒（比色） Cat #P-1030	MethylFlash Global DNA羟甲基化（5-hmC）ELISA简易试剂盒（比色） Cat #P-1032	MethylFlash 5-甲酰基胞嘧啶（5-fC）DNA定量试剂盒（比色） Cat #P-1041
目的	比色法检测DNA中的5mC	比色法检测DNA中的5mC	比色法检测DNA中的5hmC	比色法检测DNA中的5fC
关键点	在主要期刊中被高度引用的方法与HPLC-MS可比的结果	减少交叉变化并提高准确性快速便捷的“一步式”测定反应	强大的第四代MethylFlash技术应用于5hmC研究	强大的MethylFlash技术应用于5fC研究
起始材料	DNA	DNA	DNA	DNA
输入范围	50-200 ng	20-200 ng	50-200 ng	100-300 ng
最佳输入量	100 ng	100 ng	100 ng	300 ng
总时长	4 hours	2 hours	2 hours	4 hours
检测阈值	200 pg of meDNA	50 pg of meDNA	10 pg of hMeDNA	1 pg of fC DNA
检测到的甲基化类型	5-甲基胞嘧啶	5-甲基胞嘧啶	5-羟甲基胞嘧啶	5-甲酰基胞嘧啶
特异性	>1000:1 meDNA:unMeDNA	>1000:1 meDNA:unMeDNA	>1000:1 hMeDNA:unMeDNA	>1000:1 fC DNA:unMeDNA
形式	ELISA-like Microplate-based	ELISA-like Microplate-based	ELISA-like Microplate-based	ELISA-like Microplate-based

三、DNA甲基化修饰相关产品：利用DNA甲基化修饰研究手段——DNA亚硫酸盐转化技术产品推荐：

	Methylamp DNA Modification Kit Cat #P-1001	BisulFlash DNA Modification Kit Cat #P-1026	Methylamp Whole Cell Bisulfite Modification Kit Cat #P-1016
代码名称	“经典”	“快速”	“直接”
目的	基于化学的DNA亚硫酸氢盐转化	基于快速热基的DNA亚硫酸氢盐转化	直接从细胞，组织，唾液，尿液或血液中转化
关键点	1. 兼容Illumina工作流程 2. 最坚固可靠 3. 亚硫酸氢盐测序，NGS和各种MSP的理想选择	1. 极快 2. 实时MSP的理想选择 3. 可选的测序方案	1. 消除了分离DNA的步骤 2. 非常适合包含少量DNA的样品
起始原料	DNA	DNA	细胞，组织，血液
最低输入量	50 pg	200 pg	100 细胞, 1 ?l 血液
操作总时长	< 2 h	30 min	< 3 h
洗脱体积	8-20 ?l	10-20 ?l	8-20 ?l
转换效率	99.9%	99.9%	99.9%
脱硫/净化	√	√	√
回收率	>75%	>75%	>85%
转换后DNA片段大小	200-2000 bp; Avg. Peak of 800 bp	100-400 bp; Avg. Peak of 250 bp	200-2000 bp; Avg. Peak of 800 bp
形式	旋转柱	旋转柱	旋转柱

四、甲基化DNA免疫沉淀（meDIP）是一种基于抗体的大规模技术

	Methylamp甲基化DNA捕获（MeDIP）试剂盒 Cat #P-1015	EpiQuik羟甲基化DNA免疫沉淀（hMeDIP）试剂盒 Cat #P-1038	EpiQuik MeDIP Ultra KitCat #P-1052	EpiQuik甲基化DNA免疫沉淀试剂盒 cat＃P-2019	EpiQuik组织甲基化DNA免疫沉淀试剂盒 cat＃P-2020
目的	富集并捕获甲基化的DNA片段	富集并捕获羟甲基化的DNA片段	从低起始输入中富集并捕获甲基化的DNA片段	直接从细胞裂解物中富集并捕获甲基化的DNA片段	直接从组织中富集并捕获甲基化的DNA片段
关键点	1. PCR和微阵列的理想选择 2.兼容Illumina工作流程	1. 与下游工作流程兼容，包括hMeDIP-PCR和hMeDIP-chip	1. MeDIP-Seq的理想选择 2.兼容Illumina 3. 工作流程最敏感和最具体	1. 通过直接从细胞中免疫沉淀meDNA片段2. 消除了DNA分离步骤	1. 通过直接从组织中免疫沉淀meDNA片段2. 消除了DNA分离步骤
起始原料	DNA	DNA	DNA	细胞	组织
最低输入量	0.2-1 ?g	0.1 ?g	50 ng DNA (10,000 cells)	100,000 cells	10mg
操作总时长	< 3 hours	< 3 hours	< 3 hours	< 4 hours	<3.5h
富集效率	> 98%	> 99%	> 99%	> 95%	> 95%
转换效率	99.9%	99.9%	99.9%	99.9%	99.9%
包含高度特异性的抗体	√	√	√	√	√
包括DNA纯化柱	√		√	√	√
容器形式	96孔板	96孔板	96孔板	96孔板	96孔板

五、检测A基因的DNA 5mC甲基化水平产品：MSP/IP

产品A	产品B
Cat#p-1026 BisulFlash DNA Modification Kit	Cat#p-1028 Methylamp MS-qPCR Fast Kit
搭配描述：客户可用自己的方式提取DNA，再用p-1026进行亚硫酸盐转换，转换后甲基化的5-mC保持不变，没有甲基化C转换成U。之后用p-1028进行MS-qPCR，针对目的基因设计一对靶向甲基化区域的引物进行PCR即可。而且用我们的MS-qPCR可将时间缩短到70min（1h 10min）钟哟，普通的一般需要（2.5h）
Cat# p-1015：Methylamp Methylated DNA Capture (MeDIP) Kit Cat# p-1052：EpiQuik MeDIP Ultra Kit	Cat# p-1028：Methylamp MS-qPCR Fast Kit Cat# p-1029: EpiQuik? Quantitative PCR Fast Kit
搭配描述：客户可用自己的方式提取DNA，再用p-1015或者p-1052进行5mC甲基化DNA下拉富集，再用p-1028进行甲基化特异性PCR实验，进行特异基因甲基化的定量。也可以使用p-1029进行qPCR。（厂家推荐：p-1052&p-1029；）

六、定量检测A基因的 5hmC甲基化水平

产品A	产品B
Cat# p-1038：EpiQuik? Hydroxymethylated DNA Immunoprecipitation (hMeDIP) Kit	Cat# p-1029: EpiQuik? Quantitative PCR Fast Kit
搭配描述：客户可用自己的方式提取DNA，再用p-1038进行5hmC甲基化DNA下拉富集，再用p-1029，进行特异基因5hmC甲基化的定量。

七、定量检测A基因的 RNA m6A甲基化水平

产品A	产品B
Cat# p-9018：EpiQuik CUT&RUN m6A RNA Enrichment (MeRIP) Kit Cat# 202-003：m6A 抗体	Cat# p-1029: EpiQuik? Quantitative PCR Fast Kit
搭配描述：客户可用自己的方式提取RNA，用p-9018进行m6A RNA富集，将富集后的m6A RNA进行发转录后，进行qPCR。也可以使用我们的m6A抗体，进行IP实验，我们的m6A抗体适用实验类型多，物种广，参考文献多，感兴趣的欢迎前来垂询~~（目前p-9018和202-003都是现货~~）

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